Posts Tagged ‘биология’

Нелокальные воздействия и нейросети

Вторник, Ноябрь 10th, 2009

Имеется в виду нелокальность в смысле квантовой физики. Квантовая запутанность устанавливается между любыми взаимодействующими объектами. Одна из основных трудностей при создании квантовых компьютеров – невозможность устранить квантовое запутывание ячеек квантового компьютера и окружающей материи на время, необходимое для проведения вычислений – даже хотя бы на доли секунды. (далее…)

Шишковидная железа и интуиция

Воскресенье, Ноябрь 8th, 2009

В дополнение к предыдущему сообщению «Тренажер интуиции Норбекова» ( http://neurocod.net/blog/tag/2009/11/тренажер-интуиции-норбекова ). Цитата из книжки «Где зимует кузькина мать, или как достать халявный миллион решений» Норбекова:

Как делаются…
Откуда берутся…
Открытия в науке – способ создания приключению для своей (далее…)

Тренажер интуиции Норбекова

Воскресенье, Ноябрь 8th, 2009

Однажды я купил следующее устройство: http://tintuit.ru/tin/ .

На тот момент я был атеистом-агностиком. Что же меня заставило обратить внимание на прибор? (далее…)

Несколько ссылок

Четверг, Октябрь 22nd, 2009

«Крысы вспоминают обучение задом наперёд» (далее…)

Нейроконтуры в ИНС и ЕНС

Вторник, Октябрь 20th, 2009

При развитии моделей ИНС, происходит усложнение элементарного нейрокластера, добавляются новые нейронные контуры, добавляются новые алгоритмы, последовательности активации нейроконтуров. Но в естественных нейросетях, отдельные нейронные контуры можно вынести в отдельные части мозга. Тогда, вместо представления каждого нейроконтура в каждом стандартном нейрокластере, его усложнения, необходимое поведение сохраняется благодаря связям между отдельными нейрокластерами разных типов в разных частях мозга, где каждый нейрокластер состоит/входит в несколько нейроконтуров – а список нейроконтуров уникален в каждом органе и для каждого типа кластера. Как и для обычных нейрокластеров, связи между различными типами нейрокластеров могут устанавливаться динамически и при обучении, жесткое соответствие не обязательно. Такой способ расширения мозговой функциональности может быть более прост для осуществления эволюции (равно как и управляемой эволюции – намек с широким контекстом). Добавление отдельных нейроконтуров в отдельный мозговой орган может быть легче изменения уже существующих механизмов. Так как легче не нарушить работу старых механизмов, работу новых генов можно запускать в отдельном локальном пространстве (близость клеток с одинаковой экспрессией генов), для новых механизмов меньше комбинаций взаимодействия (усложнено взаимодействие с другими далеко расположенными нейронными сетями).

Вынесение отдельных нейронных контуров в отдельный тип кластера и в отдельный орган полезно также тем, что можно сохранять нормализацию – по аналогии с базами данных. Например, как описывалось в случае с нейронными контурами nSl0/nSl1 в заметке «№91 Нечеткое распознавание и поиск в ИНС Б2» ( http://neurocod.net/blog/tag/2009/04/№91-нечеткое-распознавание-и-поиск-в-ин ), не для всех кластеров памяти нужен отдельный квазинейрон nSl0, и не для каждого nSl0 нужен отдельный квазинейрон nSl1. Аналогично и с ЕНС. Такое разделение помогает сохранить ресурсы. Скажем, для некоторых кластеров памяти может не понадобиться ассоциаций на нейронные контуры «синхронизация и планирование действий». Так что теперь предположительно понятно не только то, почему у людей такая сложная электроэнцефалограмма, но и то, почему столько разных мозговых органов.

В дополнение к предыдущей записи про биополя в нейросетях: при разработке нейроимплантантов может оказаться полезно исследовать биополя и попытаться смоделировать их на микроэлектродах. В случае успеха, нейроны будут сами искать контакты с микроэлектродом. Для укрепления связи можно разрабатывать нанопоры в микроэлектродах, через которые выделяются вещества, способствующие соединению с нейронами. Но не нужно забывать, что многие нейроны для нормальной работы должны сами решать, выгодно или нет им сотрудничать с данным электродом. Но решение этого вопроса можно делегировать другим нейронам: с некоторыми нейронами микроэлектрод взаимодействует жестко и неразрывно, а другие нейроны пусть привязываются уже к ним. Исследование слабосильных биополей может быть очень затруднено. Даже если ограничиться электромагнитными полями, сложно будет даже записать поля. Особенно – шумоподобные, которые могут ловиться окружающими клетками за счет направленных антенн в виде некоторых белков, и даже аналогов фазированных антенных решеток на основе отдельных молекул.

Биополя и нейросети

Воскресенье, Октябрь 18th, 2009

При исследовании нейросетей полезно использовать концепцию биополей. Сначала нужно показать предпосылки для введения этой концепции. (далее…)

Биологические основы выделения обобщений и кратной активации

Четверг, Сентябрь 24th, 2009

В алгоритмах выделения обобщений, рассмотренных ранее, механизм выделения признаков, которые входят в обе цепочки памяти, работал следующим образом. С каждой из двух цепочек памяти на свои признаки слался сигнал обычной силы, и те признаки, которые получили двойную порцию, считались входящими в обе цепочки.

Проверка в коде была вида activation>=2*threshold

Но чтобы писать код с использованием объектов «нейронный контур», нужно было ввести отдельную функцию для такой проверки. В дополнение к функции neuron::isActive, с именем типа isActivatedDoubly. Более красивое решение – использовать шаблонную функцию с параметром «кратность активации». Но так как С++ не поддерживает шаблонные параметры из нецелых чисел, то пришлось коэффициент кратности делать целым. И тогда в функцию обработки нейроконтура можно было передать neuron::isActive<2>, надеясь, что компилятор вместо преобразования типов данных догадается подставить только инкремент степенной части числа с плавающей запятой.

Но у этого подхода есть концептуальные недостатки. Как известно, потенциал действия биологических нейронов при разрядке всегда один и тот же. Накопление на мембране «двойного заряда» не подходит. Повышение порога гуморальными механизмами – слишком медленно (а люди просыпаются достаточно быстро). Можно рассмотреть изменение потенциала на мембранах вспомогательной нейросетью. Можно в режиме выделения тормозить ею нейроны, так что активироваться смогут только нейроны с двойной порцией активации. Или можно во время обычной работы дополнительно активировать нейроны, а в режиме выделения – прекращать поставлять помощь. Можно комбинировать активацию и торможение. Но мне более вероятным кажется использование времени активации в качестве варьируемого параметра. Так как посылка активации в природных нейросетях в режиме высокочастотного возбуждения происходит не единовременно, а множеством спайков, то нейрон, получающий двойную порцию активации (от двух цепочек), будет активирован примерно вдвое быстрее, чем в нормальных условиях. Вариантов реализации механизма выделения нейронов с двойной активацией тогда остается два. В одном варианте, нейроны цепочек шлют вдвое меньше спайков, чем обычно, и активируются только нейроны, входящие в обе цепочки. Мне более вероятным представляется случай, при котором отдельная нейросеть детектирует нейроны, активировавшиеся вдвое быстрее, чем обычно. Вдвое быстрее, конечно, после предыдущего такта нейросети «посылка к признакам». Тот же Бужаки говорил, что есть нейроны, очень точно реагирующие на время активации.

После того, как концептуальные вопросы решены, можно было оставить код, как есть, лишь помня о несколько другом смысле «двойной активации». Понятие двойной активации возникает, так как спайки в моих нейросетях моделируются одним целым, и нет возможности обнаружить изменение времени активации. Можно было бы разделить спайки на два – и вместо одного квазиспайка, всегда слать два квазиспайка. В результате, схема обнаружения общих признаков работала бы так, как и гипотетический природный аналог. Но есть более эффективный подход – слать половинную активацию. Вместо умножения порога или деления активации каждого нейрона при сравнении, лучше послать половинную активацию лишь у тех, кто активирован (с нейронов nDn->* ). Этого можно всего добиться, если понизить порог нейронов контура nDn вдвое, и в зависимости от режима вместо VA(nX, nDn) писать что-то типа VA(nX, nDn, 0.5f), или VA(nX, nDn, 1.f)

Свинский грипп

Воскресенье, Сентябрь 20th, 2009

Не свиной грипп, а свинский, от слова «свинство».
http://zavtra.ru/cgi//veil//data/zavtra/09/820/61.html
Цитата:
«ЗАВТРА». Разве мы не побеждали болезни? Разве ученые не исследовали их достаточно для эффективной борьбы — пусть не с раком или СПИДом, но хотя бы с элементарным гриппом?

М.С. Грипп далеко не «элементарен», как вы выразились. Сегодня, в начале XXI века, мы очень мало знаем о феномене поддержания возбудителей инфекционных болезней человека в природе.
Мы ведь не знаем даже о природном резервуаре вируса гриппа. Домашняя или дикая птица, или свиньи — это лишь промежуточные «хозяева» вируса, одни из его жертв. Они не поддерживают вирус в природе: (далее…)

№5 Биология и проектирование

Среда, Август 13th, 2008

Старая запись:
Биология

Чтобы иметь возможность проектировать что-либо, нужно хотя бы в общих чертах уметь предсказывать результаты работы проектируемых систем. Без этого остается только экспериментирование. На данный момент, в микробиологии возможность минимально удовлетворительного прогнозирования в целях проектирования еще не достигнута. Одна из основных причин – большие трудности в расчете взаимодействия сложны молекул. Дело в том, что количество операций, нужных для расчета конфигурации молекулы, с увеличением количества атомов растет не линейно, не квадратично и не кубично (что уже считается достаточно плохим алгоритмом), а вообще – экспоненциально. Добавили еще один электрон к молекуле – удесятиряй количество процессоров в суперкомпьютерном центре. Тогда как сложные клеточные механизмы содержат сотни тысяч атомов, а вирусы – миллионы. Поэтому сейчас ограниченно используются только неточные и приблизительные методы вычислений, которые занимаются только уровнем отдельных молекул, и которые все равно требуют дикого количества компьютерных ресурсов. Вторая причина – отсутствие средств детального наблюдения за внутриклеточными процессами. Электронным или атомно-силовым микроскопом не заглянуть внутрь клетки без ее уничтожения. А желательно заглянуть туда надолго, прослеживая работу целых клеточных механизмов. Третья причина – большое количество параметров и элементов в живых системах, которые усложняют не только вычислительную работу, но и человеческое ассоциативное мышление – трудно запомнить все связи, результаты экспериментов, ориентироваться в последних достижениях других исследователей. Кроме того, живые системы развивались без оглядки на «правильность» и красоту проектирования. В сравнении с современным программным обеспечением, в природе куча «заплаток», корявых решений, которые используют побочные эффекты от работы других механизмов, плохое разделение ответственности и структурирование. В таких условиях разобраться даже в исходниках компьютерной программы бывает очень затруднительно, что уж говорить про скопления астрономических количеств молекул. Ко всему, работу чрезвычайно усложняет еще и сверхвысокий параллелизм работы всех механизмов в живых системах. Даже если что-то удается отследить, совсем не очевидно, что данный механизм имеет смысл только с одновременной работой других определенных процессов, быть может, в других органеллах, клетках, тканях или органах, запустился в совершенно другом месте и когда и на что он повлияет. Еще одна сложность, не только проектирования, но и экспериментирования – низкая скорость проверки предположений. Ей не сравнится со скоростью экспериментирования у программистов – чаще всего от нескольких секунд до минут, редко – часов. Больше уже считается серьезными исследованиями или стратегическими и принципиальными разработками. Подождать деления клетки, а лучше – многих, подождать их развития, провести нужные манипуляции, и лишь затем работать – слишком долго. Что уж говорить про многоклеточные организмы. А еще есть сложность подготовки экспериментов, низкая автоматизация этих процессов. В результате на «чисто научную» работу, без рутины, остается совсем немного.

Однако, в относительно ближайшее будущее ситуация может кардинально поменяться. Причин тому несколько. Одна из важнейших – создание и развитие квантовых компьютеров. Рост количества вычислений взаимодействий молекул от количества атомов в исследуемой системе станет линейным. Причем, ожидать таких результатов можно уже в ближайшие годы. Даже если у некоторых фирм ничего не выйдет в 2008 году, за несколько следующих десятилетий можно ожидать радикального прогресса. Другая причина – наука как раз массово выходит на молекулярный уровень изучения сложных систем. Не зря сейчас такой бум с использованием приставки «нано». Входит в обиход использование квантовых точек для отслеживания внутриклеточных передвижений, молекулярных маркеров для управляемого присоединения нужных частиц к специфическим белкам и клеткам, использование информационных технологий для создания баз данных генов, веществ, их связей со сложными механизмами. Возможный близкий прогресс в хотя бы частичном и грубом моделировании ассоциативного мышления также может радикально ускорить развитие биологии. Если не в самостоятельном мышлении машин, то в облегчении информационной работы экспериментаторов. Одни только гиперссылки, бледное подобие ассоциативного мышления, как сильно упростили обмен информацией. Средства автоматизации экспериментов также сильно ускорят развитие. Работая 24 часа в сутки, с высоким параллелизмом, автоматика удешевит и ускорит исследования, освободит экспериментаторов от рутины. Им дастся не просто дополнительное время на исследования, а возможность изучать на порядок более сложные системы.

Все это может привести к возможности создания генетически направленного оружия, оптимизации использования энергии растениями с экономией десятков процентов территории, необходимой под посевы, кардинальных усовершенствований тела человека и достижения бессмертия, и т. д., а в перспективе – созданию принципиально новых форм жизни и распространению жизни за пределы Земли.